證書性質不同安全員證書是一個上崗證。安全員負責安全生產的日常監督與管理工作，做好定期與不定期的安全檢查，控制安全事故的發生。
注冊安全工程師是一種執業資格證書。負責制定安全生產規章制度、安全技術操作規程和作業規程、制定從業人員安全培訓計劃等。
考試難度不同安全員A、B、C證的安全生產知識考試試題在住房和城鄉建設部試題庫中抽取，考試題型為客觀題，省建設廳統一制卷。考試采取開卷形式，通過考試較為簡單。而中級注冊安全工程師考試是全國統一考試，考試科目分為公共科目和專業科目。公共科目包含《安全生產法律法規》、《安全生產管理》和《安全生產技術基礎》三科，專業科目為《安全生產專業實務》，分為煤礦安全、金屬非金屬礦山安全、化工安全等七個專業。閉卷考試，考查內容專業性較強，通過難度較大。執業范圍不同安全員A、B、C證在全國范圍內有效，但僅能在建筑行業執業。中級注冊安全工程師證書在全國范圍內有效。2019年注安領域進行了改革，改革后將中級注安證書劃分為七個專業，擴大了其執業選擇范圍。
管理部門不同安全員A、B、C證屬于建筑三類人員證書。是住房與城鄉建設部組織，由各省建設廳統一制卷進行的考試。考試合格后，一般由住房與城鄉建設部頒發證書、進行管理。注冊安全工程師考試是人力資源社會保障部、國家應急管理部負責資格制度的制定、指導、監督和檢查實施。考試合格后由省（區、市）人力資源社會保障部門頒發由人力資源社會保障部統一印制、應急管理部和人力資源社會保障部共同用印的《注冊安全工程師職業資格證書（中級）》，該證書在全國范圍有效。
