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首先，企業在選擇物流公司時，應該注意是否具有增值稅一般納稅人資格，如果有，則企業可將運費作為進項稅額進行抵扣，從而降低企業支付的增值稅額。
其次，企業還可以通過分拆發票的方式進行稅收籌劃。例如，一個物流公司將整個運費開具在一張發票上，企業支付的增值稅就會相對較高。而如果將運費分成多個發票，每張發票金額較低，增值稅也隨之降低。
除此之外，企業還可以通過進一步協商物流公司，爭取一定的運費優惠。例如，企業可以長期與物流公司合作，在運輸量較大時，爭取一定的價格優惠，以降低企業的成本。
另外，企業還可以選擇適用19%和13%不同增值稅稅率的方案，具體根據物資的種類和運輸距離等因素進行選擇，以獲得更多的稅收優惠。
當然，進行稅收籌劃不僅僅是一項會計工作，還需要企業了解相關稅法政策，制定出合理的稅務策略，以確保企業能夠在遵守法規的前提下，盡可能地降低稅務負擔。
總之，在選擇物流公司、制定稅務策略、優化運費結構等方面，企業都可以通過稅收籌劃的方式，降低運費增值稅的稅收負擔，提高企業的經營效益。
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