培養目標不同
專業碩士教育的突出特點是學術型與職業性緊密結合，獲得專業學位的人，主要不是從事學術研究，而是從事具有明顯職業背景的工作，如工程師、醫師、教師、律師、會計師等。這是一種以專業實踐為導向，重視實踐和應用，培養在專業和專門技術上受到正規的、高水平訓練的高層次人才的培養方式。
學術碩士按學科設立，其以學術研究為導向，偏重理論和研究，培養大學教師和科研機構的研究人員。
培養方式不同
專業碩士課程設置以實際應用為導向，以職業需求為目標，以綜合素養和應用知識與能力的提高為核心。教學內容強調理論性與應用性課程的有機結合，突出案例分析和實踐研究。教學過程重視運用團隊學習、案例分析、現場研究、模擬訓練等方法；注重培養學生研究實踐問題的意識和能力。在具體的學習過程中，要求有為期至少半年的實踐環節，實踐學分比重較學術學位更大。
學術碩士的課程設置側重于加強基礎理論的學習，重點培養學生從事科學研究創新工作的能力和素質。
報考條件不同
專業碩士，部分專業報考要求和學術碩士相同，但其中的工商管理、公共管理、工程管理、旅游管理、工程碩士中的項目管理、教育碩士中的教育管理、體育碩士中的競賽組織專業，報考條件為：大學本科畢業后有3年以上工作經驗的人員；或獲得國家承認的高職高專畢業學歷后，有5年以上工作經驗，達到與大學本科畢業生同等學力的人員或已獲碩士學位或博士學位并有2年以上工作經驗的人員。
學術碩士報考條件為：
1、國家承認學歷的應屆本科畢業生(含普通高校、成人高校、普通高校舉辦的成人高等學歷教育應屆本科畢業生)及自學考試和網絡教育屆時可畢業本科生，錄取當年9月1日前須取得國家承認的本科畢業證書；
2、具有國家承認的大學本科畢業學歷的人員;
3、獲得國家承認的高職高專畢業學歷后滿2年(從畢業后到錄取當年9月1日，下同)或2年以上的，以及國家承認學歷的本科結業生，符合招生單位根據本單位的培養目標對考生提出的具體學業要求的人員，按本科畢業生同等學力身份報考。
4、已獲碩士、博士學位的人員。
招生專業不同
專業碩士，招生專業比較有針對性，包括金融、應用統計、稅務、國際商務、保險、資產評估、審計、法律、社會工作、警務、教育、體育、漢語國際教育、應用心理、翻譯、新聞與傳播、出版、文物與博物館等共計47個專業。
學術碩士，招生專業包括哲學、經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、理學、工學、農學、醫學、軍事學、管理學、藝術學13大學科，及其下設的一級學科、二級學科，涵蓋所有的專業方向。
調劑要求不同
考生調劑基本條件，初試科目與調入專業初試科目相同或相近，其中統考科目原則上應相同。學碩的考試科目一般可以涵蓋專碩的初試科目或者達到專碩的考試難度，因此調劑一般為學碩向專碩調劑。
專碩的考試科目和考試難度決定了它幾乎沒有調劑到學碩的可能性。即，學術碩士可以調劑到專業碩士，但專業碩士不能調劑到學術碩士。
但要注意臨床醫學類專業碩士則相反。報考臨床醫學類專業碩士研究生的考生可按相關政策調劑到其他專業，報考其他專業(含醫學學術學位)的考生不可調劑到臨床醫學類專業學位。
入學難度不同
對于大部分專業來說，專業碩士較學術碩士難度略低。專業碩士公共課英語科目多考英語二，難度相對較小;
學術碩士公共課英語科目考英語一，難度比較大。專業碩士多數不考公共課數學科目或考數學三、經濟類聯考綜合能力，難度相對較小;
學術碩士公共課數學科目考數學一、數學二、數學三、數學(農)或招生單位自命題理學數學，難度較大。
學費標準不同
全日制專業碩士收費標準，按不高于本校現行普通專業學術型自籌經費研究生收費標準確定(沒有普通專業學術型自籌經費研究生的學校，應參照當地其他院校同類專業的有關收費標準確定)。
從2014年秋季學期起，學術碩士收費標準，原則上每年碩士生不超過8000元、博士生不超過10000元。
學制不同
具體表現為，專業碩士學制一般為2-3年，學術碩士學制一般為3年。具體情況依各招生單位當年政策為準。
導師制度不同
專業碩士，實行雙導師制。根據教育部相關文件精神，各專業學位研究生培養單位要建立健全校內外雙導師制，以校內導師指導為主，校外導師應參與實踐過程、項目研究、課程與論文等多個環節的指導工作。在培養過程中校內導師以教授理論知識、學術指導為主，而校外導師則以培養技能、指導實踐為主。
學術碩士，實行單導師制。在基本職能方面，研究生導師對學生進行研究生課程教學、課題研究指導與學位論文指導。在導學內容方面，研究生導師對其研究生在讀研期間的全過程進行指導。研究生論文完成后，指導教師要對研究生作出客觀、全面、準確的評價，并負責向導師組申請審查同意，提交院學位評定委員會，申請組織答辯。
學位論文不同
專業碩士的論文，必須強化應用導向，形式可多種多樣。鼓勵采用調研報告、規劃設計、產品開發、案例分析、項目管理、文學藝術作品等多種形式。
學術碩士的學位論文，強調科學理論研究與原創學術創新，形式相對傳統，一般為學術性論文。
讀博方式不同
專業碩士，一般不能碩博連讀或直博，碩士畢業后若進行考博，請咨詢招生單位了解相關政策。
學術碩士，可以通過自己的導師直接讀博，不用參加全國統考，也就是我們所說的直博或者碩博連讀。