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進項發票已認證抵扣要開紅字發票處理辦法，以下是數豆子整理的內容。
進項發票已認證抵扣要開紅字發票處理辦法根據《國家稅務總局關于紅字增值稅發票開具有關問題的公告》(國家稅務總局公告2016年第47號)第一條的規定，增值稅一般納稅人開具增值稅專用發票(以下簡稱"專用發票")后，發生銷貨退回、開票有誤、應稅服務中止等情形但不符合發票作廢條件，或者因銷貨部分退回及發生銷售折讓，需要開具紅字專用發票的，按以下方法處理：
(一)購買方取得專用發票已用于申報抵扣的，購買方可在增值稅發票管理新系統(以下簡稱"新系統")中填開并上傳《開具紅字增值稅專用發票信息表》(以下簡稱《信息表》)，在填開《信息表》時不填寫相對應的藍字專用發票信息，應暫依《信息表》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉出，待取得銷售方開具的紅字專用發票后，與《信息表》一并作為記賬憑證。
(二)主管稅務機關通過網絡接收納稅人上傳的《信息表》，系統自動校驗通過后，生成帶有"紅字發票信息表編號"的《信息表》，并將信息同步至納稅人端系統中。
(三)銷售方憑稅務機關系統校驗通過的《信息表》開具紅字專用發票，在新系統中以銷項負數開具。紅字專用發票應與《信息表》一一對應。
(四)納稅人也可憑《信息表》電子信息或紙質資料到稅務機關對《信息表》內容進行系統校驗。
因此，購買方取得專用發票已認證抵扣，不符合專用發票作廢條件，該發票不能作廢。應按上述規定開具紅字發票。
增值稅專用發票抵扣聯如何做帳？1、取得增值稅專用發票，抵扣后，會計分錄如下：
借：管理費用/原材料等
貸：應交稅費-應交增值稅-進項稅(發票認證后確認進項稅可抵扣)
銀行存款/現金
2、發票抵扣的意思是用發票上所載的稅額來抵減應交稅額，這種情況基本只發生在"增值稅"這個稅種上。就是用購入增值稅應稅商品所繳納的"增值稅進項稅額"來抵減賣出增值稅應稅商品的"增值稅銷項稅額"。
以上整理的資料內容，就是我們關于進項發票已認證抵扣要開紅字發票處理辦法。增值稅專用發票從開具日起的180天之內，需要進行認證才可以進行抵扣。注意，如果發現發票開具錯誤，或者出現銷貨退回的話，是不符合專用發票作廢條件的，所以需要開紅字發票處理。
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