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1、企業應于扣除款項后進行工資的計提：
借：管理費用——職工工資(根據費用所屬部門計入相關科目)
貸：應付職工薪酬——應付職工工資(扣除款項后的應付工資金額)
2、企業支付職工工資：
借：應付職工薪酬——應付職工工資(扣除后的工資)
貸：銀行存款
在工資中扣除職工款項，應當于扣除款項后通過“管理費用”等科目以及“應付職工薪酬”等科目進行工資的核算。管理費用是指企業行政管理部門為組織和管理生產經營活動而發生的各種費用。應付職工薪酬是企業根據有關規定應付給職工的各種薪酬。
工資被克扣的處理方式如下：
1、與用人單位協商。如果被克扣工資，可以先與用人單位負責人了解情況，詢問原因，可以選擇與負責人私下和解，協商解決；
2、向勞動糾紛調解委員會申請調解；
3、向勞動監察大隊投訴；
4、向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁等。
法律依據：
《勞動合同法》第三十條
用人單位應當按照勞動合同約定和國家規定，向勞動者及時足額支付勞動報酬。用人單位拖欠或者未足額支付勞動報酬的，勞動者可以依法向當地人民法院申請支付令，人民法院應當依法發出支付令。
一般來說，一份工資條通常包括如下項目：職工姓名、基本工資、職務工資、福利費、住房補貼、計稅額、應發工資、實發工資等。工資條不僅對認定企業是否按時發放工資起到憑證作用，而且在產生糾紛時，可以作為勞動仲裁的重要依據。
根據我國《工資支付暫行規定》，用人單位必須書面記錄支付勞動者工資的數額、時間、領取者的姓名以及簽字，并保存兩年以上備查。用人單位在支付工資時應向勞動者提供一份其個人的工資清單。依據這一規定，企業不發工資條屬違法行為。
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